腦神經核是腦幹內部重要組成之一。腦神經核可分為兩大類，一類是感覺核，另一類是運動核。由腦幹發出的腦神經是第Ⅲ~Ⅻ對。
由於腦神經含有七種成分，因此，腦神經感覺核和腦神經運動核可進一步區分為七種核團。其中，所謂“一般”是指脊髓和腦幹中共有的核柱，它們之間相互延續；所謂“特殊”是指僅見於腦幹處，在脊髓中沒有該核團存在，而此核柱與特殊感覺器和鰓弓衍化物有關；此外，一般內臟感覺和特殊內臟感覺核柱都在孤束核內，該核上端接受味覺纖維，其餘部分接受一般內臟感覺纖維。因此，腦幹內僅六個腦神經核柱。
六個腦神經核柱在腦幹內部是斷開存在且縱向排列規則，通常感覺柱位於界溝的外側，運動柱位於界溝的內側；而將腦幹橫切面剖析，由上向下結構分別為：上丘與下丘、腦橋上部、腦橋中部、腦橋下部、橄欖上部、橄欖中部、內側丘系交叉、錐體交叉等。
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機能柱 |
位置 |
支配部位 |
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軀體運動柱 |
由動眼神經核、滑車神經核、展神經核及舌下神經核等四核團組成。相當脊髓中前角運動細胞 |
支配自肌節衍化的骨骼肌，如舌肌、眼球外肌 |
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一般內臟運動柱 |
由動眼神經副核、上泌涎核、下泌涎核、迷走神經背核等四核團組成。相當脊髓內臟神經節前神經元；或視作脊髓骶副交感核和中間外側核在腦幹內的延伸 |
支配頭、頸、胸、腹等處器官的平滑肌、心肌、腺體 |
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特殊內臟運動柱 |
位於軀體運動柱腹外側，由三叉神經運動核、面神經核、疑核和副神經核等四核團組成 |
支配由鰓弓衍化的骨骼肌，包括咀嚼肌、面部表情肌、軟齶、咽喉肌等 |
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一般內臟感覺柱 |
由位於延髓上部的孤束核構成。相當於脊髓的中間內側柱 |
接受臟器和心血管的初級感覺纖維 |
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一般軀體感覺柱 |
由三個與三叉神經有關的核團構成，包括三叉神經中腦核、三叉神經腦橋核、三叉神經管束核。相當於脊髓後角的I～IV層灰質，實際上也是與之相延續 |
接受頭面部皮膚與口、鼻腔粘膜的初級感覺纖維的傳入 |
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特殊軀體感覺柱 |
兩個核團組成：蝸神經核和前庭神經核(註)膜迷路發生起源於外胚層，故將此機能柱歸為“軀體” |
接受內耳聽和平衡感受器的初級感覺纖維 |
一、軀體運動柱核團就類似脊髓前角運動神經元，病變時可引起下運動神經元(LMN)損傷：
- 舌下神經核或神經根損傷：患側舌肌癱瘓，伸舌時舌尖偏向患側，伴舌肌萎縮
- 展神經核或神經根損傷：患側眼球不能外展，表現內斜視
- 動眼神經核或神經根損傷：患側眼瞼下垂、眼球偏向外下、瞳孔散大此核可受到來自大腦皮質發出下行纖維皮質核束的控制，對於眼肌運動核是雙側支配的，而對舌下神經核則是對側支配，所以，當上運動神經元(UMN)損傷時，可表現為對側舌肌癱瘓，伸舌時舌尖偏向健側，但舌肌沒有萎縮。
二、特殊內臟運動柱核團之病變時，可引起下運動神經元(LMN)損傷：
- 三叉神經運動核或神經根損傷：張口時，因對側翼肌正常，下頜偏向麻痹肌一側；
- 面神經核或神經根損傷：患側面肌麻痹伴有萎縮；
- 疑核病變：患側軟齶、咽喉肌肉麻痹，造成吞咽和發聲困難；
此柱也受UMN的皮質核束的支配，但除面神經核下部外，均為雙側支配。故一側UMN損傷僅引起對側下部面肌的癱瘓，但無明顯萎縮表現。
- 屬一般體傳入（general somatic afferent）
- 屬一般體傳出（general somatic efferent）
- 屬一般內臟傳入（general visceral afferent）
- 屬一般內臟傳出（general visceral efferent）
- 所發出之纖維支配咽內在肌群（intrinsic laryngeal muscles）
- 位於孤立核的背側
- 含有交感神經節前神經元
- 含有感覺神經元
- 嘴角下垂
- 食物堆積在口腔前庭
- 微笑表情障礙
- 提上眼瞼肌無力
- 右側第九顱神經
- 右側頦舌肌（genioglossus）
- 左側第十二顱神經
- 左側第五顱神經第三分支
- 翼外肌（lateral pterygoid）
- 顳肌（temporalis）
- 嚼肌（masseter）
- 顴大肌（zygomaticus major）