腦神經核是腦幹內部重要組成之一。腦神經核可分為兩大類，一類是感覺核，另一類是運動核。由腦幹發出的腦神經是第Ⅲ~Ⅻ對。

由於腦神經含有七種成分，因此，腦神經感覺核和腦神經運動核可進一步區分為七種核團。其中，所謂“一般”是指脊髓和腦幹中共有的核柱，它們之間相互延續；所謂“特殊”是指僅見於腦幹處，在脊髓中沒有該核團存在，而此核柱與特殊感覺器和鰓弓衍化物有關；此外，一般內臟感覺和特殊內臟感覺核柱都在孤束核內，該核上端接受味覺纖維，其餘部分接受一般內臟感覺纖維。因此，腦幹內僅六個腦神經核柱。

六個腦神經核柱在腦幹內部是斷開存在且縱向排列規則，通常感覺柱位於界溝的外側，運動柱位於界溝的內側；而將腦幹橫切面剖析，由上向下結構分別為：上丘與下丘、腦橋上部、腦橋中部、腦橋下部、橄欖上部、橄欖中部、內側丘系交叉、錐體交叉等。

一、軀體運動柱核團就類似脊髓前角運動神經元，病變時可引起下運動神經元(LMN)損傷：

1. 舌下神經核或神經根損傷：患側舌肌癱瘓，伸舌時舌尖偏向患側，伴舌肌萎縮
2. 展神經核或神經根損傷：患側眼球不能外展，表現內斜視
3. 動眼神經核或神經根損傷：患側眼瞼下垂、眼球偏向外下、瞳孔散大此核可受到來自大腦皮質發出下行纖維皮質核束的控制，對於眼肌運動核是雙側支配的，而對舌下神經核則是對側支配，所以，當上運動神經元(UMN)損傷時，可表現為對側舌肌癱瘓，伸舌時舌尖偏向健側，但舌肌沒有萎縮。

二、特殊內臟運動柱核團之病變時，可引起下運動神經元(LMN)損傷：

1. 三叉神經運動核或神經根損傷：張口時，因對側翼肌正常，下頜偏向麻痹肌一側；
2. 面神經核或神經根損傷：患側面肌麻痹伴有萎縮；
3. 疑核病變：患側軟齶、咽喉肌肉麻痹，造成吞咽和發聲困難；

此柱也受UMN的皮質核束的支配，但除面神經核下部外，均為雙側支配。故一側UMN損傷僅引起對側下部面肌的癱瘓，但無明顯萎縮表現。